La iglesia de San Cosme y San Damián es catedralicia por su majestuosidad belleza. Como las otras dos parroquias de Arnedo, ya  aparece citada en el S. XIII. El edificio es de sillería del S. XVI, con tres naves cubiertas por bóvedas de crucería estrelladas, cabecera ochavada de tres paños; coro alto a los pies y diversas capillas abiertas en las naves laterales. Dos capillas en la cabecera y torre a los pies completan la arquitectura

     Trabajaron en su construcción Pedro de Alzaga, Martín de Saracíbar, Francisco de Zumista, Juan de Juaristi...

Portada Sur

     La entrada es de estilo manierista con elementos barrocos, fue realizada entre 1634 y 1638 por Juan de Zumeta y Larrañaga.

     Sobre seis columnas estríadas se abre un frontón y tímpano que nos recuerda el estilo grecorromano, está compuesta de dos cuerpos, el bajo adintelado entre columnas con frontón redondo y el alto con doble hornacina que alberga las imágenes de San Cosme y San Damián.

     Para pasar al interior es necesario franquear una monumental puerta adornada con artísticos clavos y molduras.

Puerta Oeste

     En el centro del hastial oeste a los pies, se abre la portada más antigua, actualmente en desuso, llamada del Padre Eterno por el relieve del segundo cuerpo. Es de estilo renacentista-manierista de la segunda mitad del S. XVI.

Torre

       Adosada al último tramo de la nave del evangelio, con cuerpo inferior de planta cuadrada y superior octogonal con cúpula con linterna. El cuerpo inferior es del XVI, el alto del siglo XVII (1597-1625), y el remate o campanario del XIX,  reconstruido en el año 1951.

Capilla de San Martín

       Al entrar en el templo de San Cosme, a la derecha, se halla la capilla de San Martín, renacentista con bóveda de cañón, tiene ingreso de medio punto soportando un frontón triangular roto con un altorrelieve del Padre Eterno, en ella destaca sobremanera su precioso retablo, el más antiguo del templo obra romanista del escultor arnedano Antonio de Zárraga, muy artístico, sobre todo en imaginería.

       De tres calles con columnas corintias, romanista del año 1590. En el centro la figura de S. Martín de Tours partiendo la capa con el mendigo, llama la atención la pata flotante del caballo y la pierna herida del mendigo. y a los lados santo Obispo y Abad, en el banco las santas Catalina, Magdalena y Julita. En el segundo cupero San Pedro y San Pablo a los lados del relieve de la Epifanía. En el ático un calvario.

Capilla de Santa Catalina

       Posee un retablo rococó de la segunda mitad del XVIII, con imagen de San Francisco Javier del S. XVII y Santa Catalina del XVI. Pintura en el ático de San Ignacio.

Retablo de la Inmaculada

     Compuesto por una parte baja, rococó del XVIII con imagen moderna de la Inmaculada y San José y Santa Teresa, rococós a los lados. Sobre él, retablo barroco de fines del XVII con Virgen de la Antigua, gótica del XIV-XV mutilada y Santo Tomás de Aquino barroco del s. XVII.

Retablo Mayor

       Al entrar dentro, sobrecoge la belleza del retablo central, espectacular y majestuoso, recubierto en oro sobre una base de alabastro y madera policromada. Sebastián Sola y José Tovar fueron los artífices de este retablo impresionante, labrado en figuras y adornos barrocos que terminaron de construir en 1699.

       La base del retablo es de piedra de alabastro labrada en figuras y adornos barrocos. Encima, y en madera, a derecha e izquierda, una talla de Santiago el Mayor en brioso caballo derrocando a grotescos moros, y San Jorge en caballo negro luchando con el dragón. Hacia arriba, cuatro cuarteles con la vida y milagros de los titulares, San Cosme y San Damián. En uno de ellos puede verse la cabeza de un santo que rueda por el suelo. Adornando el conjunto columnas y calados barrocos. En el centro están las imágenes, de cuerpo entero, de San Cosme y San Damián.

       La pieza formada por el relicario, el sagrario y el expositor a cuyos lados se pueden ver los dos bustos relicarios de San Cosme y San Damián es de singular mérito artístico. Estos bustos relicarios son los que los navarros y riojanos se disputan cada 27 de septiembre.

       En lo alto del retablo puede contemplarse una soberana talla de la Asunción de María rodeada de ángeles y trompetas.

Capilla de San Juan Evangelista

       En este altar de S. Juan Evangelista, barroco, recargado de uvas y palomas, de finales del s. XVIII, podemos admirar una buena talla de San Juan y relieves, de su martirio y  predicación. En el atrio se hallan figuras de San Joaquín y varios ángeles.

Capilla de la Virgen de Vico

      El retablo, rococó de la segunda mitad del S. XVIII es interesante sobre todo por tres de las imágenes que alberga procedentes del desamortizado Monasterio de Vico. En el centro la Virgen de Vico , Patrona de Arnedo, románica del s. XII. 

    A los lados San Francisco de Asís y San Antonio de fines del S. XVII, de autor desconocido pero de estilo de Pedro de Mena, importante escultor barroco de escuela granadina y principal discípulo de Alonso Cano

Órgano

       Espléndido ejemplar de los órganos barrocos de la escuela castellana. Magnífica fachada que se organiza en torno a dos cuerpos.

       En el cuerpo inferior o pedestal, de forma rectangular, se ocultan los componentes del teclado, los registros, el teclado de pies con sus pedales, el teclado de mano, y el "secreto" o caja distribuidora de viento. El cuerpo principal, tubería horizontal; más arriba tubería vertical, a ambos lados cuatro paneles o "campos" con motivos vegetales.

       El remate de la caja presenta una decoración de motivos vegetales rematada con la talla del ángel trompetero. El 30 de septiembre de 1706 Martín Crespo, maestro de órgano, se obligó a hacer este órgano de San Cosme y San Damián.

Capilla de la Veracruz

     En ella se celebraban tradicionalmente las misas de Veracruz.  Posee altar barroco con lienzo de San Sebastián en el ático, todo del siglo XVIII. El sepulcro con Cristo yacente de tamaño natural, barroco del XVIII . Tres imágenes de Dolorosas, barrocas del XVIII. Hay otro retbalo como el anterio con lienzo de San Lorenzo en el ático e imagen de Cristo a la Columna todo del S. XVIII.

       En la pared del Coro Bajo, cuelga una gran cruz de madera: dos personas, elegidas a sorteo el DOmingo de Ramos, trasladan esta cruz a hombros hasta el Calvario, cerro al oeste de la ciudad, al tiempo que se rezan las XIV estaciones del Vía Crucis, el Viernes Santo en procesión multitudinaria. 

Coro Alto

       Realizado por Juan de Juaristi II que también construye a la vez la torre. Conserva la Sillería con 27 asientos y el facistol, todo ello barroco del primer tercio del s XVIII.

Sacristía Antigua

       Al sur de la cabecera del s. XVI en piedra de sillería y cubierta con bóveda de crucería de terceletes.

Sacristía Nueva

      Al norte de la cabecera, construida en el s. XVII en mampostería encadenada de ladrillo, técnica conocida como aparejo toledano , cubierta interiormente  con cúpula sobre pechinas